eu lucrez cu netbeans de 1,5 ani si nu am avut probleme, intr-adevar, eclipse si aptana mi-au crapat deseori la proiecte mari...
daca vrei iti dau varianta portabila facuta de mine la netbeans (nu iti trebuie java ca o are inclusa)
solutia ca sa faci aplicatii portabile (cel putin solutia aleasa de mine)
1) instalezi virtual pc (de la microsoft) pentru ca are optiunea de restore la modificarile efectuate in sitemul virtual
2) instalezi in virtual pc un xp si il actualizezi la zi
3) instalezi in xp-ul virtual
http://www.cameyo.com/
4) descarci netbeans si java in xp-ul virtual
5) pornesti cameyo si dupa ce face un snapshot al sistemului incepi sa instalezi java apoi netbeans
6) dupa ce termina de instalat (faci si update-urile la netbeans si pluginuri sau ce mia vrei la el) opresti cameyo si el va face un alt snapshop al sistemului si iti va genera un executabil cu tot ce ai instalat intre timp
7) deschizi din nou cameyo si alegi optiunea editare pachet existent apoi alegi executabilul deja creat si ti se va deschide o fereastra unde poti seta iconita, metoda de interactiune cu sistemul real (la netbeans recomand sa o lasi sa aiba full access la sistemul gazda)

dupa ce ai terminat de configurat salvezi modificarile si pui executabilul pe stick
9) inchizi xp-ul virtual si alegi la final sa nu salveze modificarile (sa ai sitemul curat pentru o viitoare instalare a ceva portabil)
asta e tot.
din experienta mea recomand ca dupa ce faci o aplicatie portabila sa o testezi pe sistemul real (pe 32/64 biti, win7 etc), e posibil ca unele sa mearga altele nu, cele care nu merg ori au nevoie de mai multe drepturi (si trebuie editat sa permiti full acces la sistemul gazda) ori chiar nu merg (antivirusii de exemplu sau aplicatiile ce necesita interactiune cu sistemul (tuneup de exemplu) nu merg in metoda de mai sus)
spor la facut aplicatii portabile.
PS. inca ceva, la netbeans cand setezi un nou proiect nu uita sa bifezi sa salveze setarile proiectului intr-un director ales de tine (pe stick) altfel cand il deschizi pe alt pc nu mai gaseste fisierele si da eroare